Parfois, les nuages peuvent être liés à des observations d'ovnis.
Formes
Lenticulaire
Dans certaines conditions atmosphériques et dans des zones suffisamment vallonnées ou montagneuses s2Baure, Jean-Francois, Clarke, D., Fuller, P. & Shough, M. L.: "Lenticular clouds" in "Hypotheses", Report on Aerial Phenomena Observed near the Channel Islands, UK, April 23 2007, février 2008, de forts soulèvements de nuages peuvent provoquer des formations en forme de lentille (altocumulus lenticularis), que l'on présente souvent comme pouvant provoquer des méprises de "soucoupes volantes" typiques de l'ère moderne des observations d'ovnis.
On connait quelques dizaines de cas de ce type, mais le plus souvent, la confusion n'existe lorsqu'ils sont présentés sur photo, où leur vitesse de déplacement (nulle ou faible) et leur mouvement (dans le sens du vent à leur altitude, qui peut être différent de celui du vent au sol) ne sont plus évaluables. Le témoin face à un tel phénomène de grande taille, immobile ou en mouvement lent, l'identifie généralement vite comme un nuage exceptionnel.
Le nuage lenticulaire, souvent présenté comme exemple-type de méprise, est donc en réalité plutôt facilement reconnaissable en tant que phénomène naturel. Il est plus facile de le présenter comme étrange sur une photo sans autre information, quitte à entretenir le mythe de témoins forcément stupides.
Effondrements
Certains phénomènes nuageux sont également étonnants comme les effets de "trou laissés par un coup de poing" (hole punch) dûs à un effondrement d'une partie du nuage. Ces phénomènes sont parfois pris pour des ovnis (vus de loin, ils peuvent avoir l'apparence d'une tache ronde devant le nuage) ou prétendus être le résultat du passage d'engins volant à travers ces nuages.
Certaines personnes maintiennent malgré tout qu'il s'agit bien de trace d'ovnis (Claude Burkel prétend qu'il s'agit de "vortex" de passage de dimensions par exemple).
Eclairage
Les formes suggestives (disques, lentilles) de nuages peuvent être rendues encore plus étranges lorsqu'elle sont colorées au lever et au coucher du Soleil (l'heure d'observation est donc importante). Un phénomène de ce type est celui des nuages noctilucents qui, à parce qu'à haute altitude, sont éclairés par le soleil avant que le jour touche (ou peu après qu'il ait quitté) la région d'observation s3"Celestial Phenomenon", Bangor Daily Whig And Courier de Bangor (Maine), 18 juin 1889.
Egalement, certaines fusées ou missiles peuvent libérer des nuages de baryum (issus de leur combustible) ou de sodium (à des fins de recherche sur l'atmosphère) à haute altitude. Ces nuages brillants en expansion, de couleurs changeantes, sont très bien visibles du sol et peuvent donner lieu à des confusions. Il est facile de les clarifier en s'adressant au Centre Spatial responsable de tels lancements, et qui prévient d'ailleurs généralement la presse des lancements.
Aux formes peuvent s'ajouter un éclairage qui donnera à celle-ci une apparence lumineuse. Cet éclairage peut être naturel, provenant du Soleil lorsque celui-ci se couche ou se lève et diffuse une lumière rasante, ou artificiel, au travers d'un projecteur ou de lasers (généralement à l'occasion de spectacles ou près de boites de nuit) projetant un motif sur la surface nuageuse. Des projecteurs ronds pourront alors donner l'impression d'un ovale lumineux en mouvement, et des lasers pourront afficher des motifs plus complexes (triangles par exemples), également en mouvement.
Radar
Des nuages ionisés peuvent provoquer des retours radar non-identifiés, voire des difficultés de transmission radio.
Indices
Les nuages sont aussi des éléments du paysage souvent utilisés pour qualifier un témoignage. Leur similarité ou non d'un cliché à l'autre d'une séquence peut être confrontée à un récit temporel. En fonction de la vitesse du vent, des motifs de nuages très différents pourront s'accorder ou non avec le récit de clichés très peu espacés dans le temps par exemple.