Un certain nombre de théories ou spéculations ufologiques intègrent l'idée d'un conditionnement des humains, dans divers buts hypothétiques :
Cette hypothèse est parfois intégrée à celle du système de contrôle.
La proportion de personnes atteintes (témoins d'ovnis, contactés) semble bien peu significative par rapport à l'ensemble de la population mondiale.
Comparativement à l'impact sur des témoins d'ovnis, les religions ont été bien plus efficaces et, dans l'hypothèse où elles sont elles-aussi d'origine ufologique, on ne voit pourquoi il faudrait les remplacer par une technique moins efficace.
Un des reproches opposé aux théories du conditionnement est qu'elles sont avancées pour pallier les failles de théories qui supposeraient normalement une absence d'interactions. Plutôt que de remettre en cause une hypothèse (où le secret ne devrait pas filtrer, où notre "zoo" devrait être maintenu sans interaction, où un contact ouvert devrait être établi depuis longtemps, etc.), celle-ci est adaptée pour intégrer ces faits en apparence contradictoires.