Berkner naît le à Milwaukee (Wisconsin). Il vit à Perth (Dakota du Nord) jusqu'à l'âge de 7 ans puis déménage à Sleepy Eye (Minnesota). Il entre à l'Université du Minnesota, où il étudie le génie électrique, et d'où il sort diplômé en . Il est réserviste de la Navy.
Il entre au NBS en , et accepte son affectation à la première expédition de l'amiral Byrd comme ingénieur radio. De retour au NBS en , Berkner continue son étude des conditions de transmission des ondes radio.
Il participe à la première Année Polaire de l'amiral Byrd, de en à en .
en il persuade le NBS d'initier un projet d'un demi-million de dollars pour des études sur l'ionosphère utilisant des transmissions radio-pulsées — une technique développée 5 ans plus tôt par Breit et Tuveau — au Département de Magnétisme Terrestre (DTM) de l'Institut Carnegie de Washington (CIW). en il est élu à l'American Geophysical Union (AGU). en Berkner et sa femme visitent visitent l'Allemagne et l'Angleterre. en la famille Berkner passe 9 mois à l'Observatoire de Magnétisme Carnegie de Watheroo (Australie).
en Berkner passe quelques mois en Alaska avec sa femme et ses 2 filles. Vannevar Bush le désigne comme son assistant à l'OSRD, mais la guerre fait rage et en la Marine le rappelle pour organiser la section radar de son Bureau d'Aéronautique.
en il revient au DTM en tant que président de la Section d'Exploration Géophysique de
l'Atmosphère (physique de l'ionosphère). Cependant, il va être autorisé à s'absenter pour étudier l'interaction
entre le gouvernement et la science
jusque en , et ce sera Harry Wells qui dirigera la section
en tant que président actif. C'est cette année en que Bush devient président du JRDB, et Berkner est nommé Secrétaire Éxécutif du Comité. C'est aussi cette
année-là que Berkner participe à l'opération dans l'Antarctique High
Jump, en tant qu'expert de la physique et de l'électronique. Si l'on prête foi aux documents MJ, tous deviennent membre du MJ-12 en .
en il est nommé membre de la NAS. en , il est nommé — toujours par Bush — assistant spécial du Secrétaire d'Etat et directeur du programme d'assistance militaire à l'étranger (conseiller en matière d'armement). Pendant ce passage au Département d'Etat, il est responsable de la décision de placer des attachés scientifiques dans toutes les ambassades américaines à l'étranger.
en Berkner quitte Washington pour devenir le premier président à plein temps de l'AUI. Cette année-là, le BNL est déjà bien établi pour effectuer ces tâches. Berkner lui laisse la main sur la construction d'accélérateur de particules, et se concentre sur les études liées à la défense.
en , il intègre la Commission Robertson.
Géophysicien et spécialiste du magnétisme terrestre, en il propose à la NAS d'organiser l'IGY, qu'il conçoit. C'est durant cet événement qu'est fait l'une des plus fameuses observations d'ovni, à l'île de la Trinité, en .
en , Berkner est nommé comme premier président du Comité de Science Spatiale de la NAS. en il est élu pour 3 ans président de l'AGU. en , il organise et dirige à Dallas (Texas) le tout nouveau Graduate Research Center du Sud-Ouest. C'est vers cette période qu'il est consulté comme relecteur du rapport Brookings.
Il aura été réserviste de la Marine pendant une grande partie de sa vie et aura atteint le grade de vice-amiral.