. Il découvre les ordinateurs à la fin des années 1960s alors qu'il est étudiant au Lycée de Lakeside à Seattle. Frustré par l'accès limité aux mainframes, lui et son ami Bill Gates rêvent d'un jour où il y en aurait une version miniature sur chaque bureau.
Allen est programmeur chez Honeywell à Boston lorsqu'il lit une publicité pour un kit de microordinateur dans le numéro de en de Popular Electronics. Il convainc Gates de s'associer avec lui pour créer un logiciel dessus. Intel et Motorola suivent avec des microprocesseurs plus puissants. Les équivalents de Radio Shack, Apple et IBM conçoivent des ordinateurs personnels basés dessus. Pour le logiciel qui rend ces machines utiles, ils se tournent vers Allen et Gates, qui à Albuquerque a démarré une nouvelle compagnie nommée Micro Soft.
Allen y est directeur de recherche et du développement de nouveaux produits. Il aide à concevoir nombre des produits à succès comme MS-DOS®, Word, Windows® et la souris Microsoft.
Allen quitte Microsoft en , après qu'une grave maladie lui a fait réévaluer ses priorités personnelles. Il garde son siège au conseil de Microsoft et reste son second plus grand actionnaire. Mais alors que Microsoft joue un rôle important dans l'informatique, Allen voit pour un lui rôle différent.