C'est en  que le Service d'Expertise des Phénomènes de Rentrée Atmosphérique prend le
  relais du GEPAN, situé à Toulouse, et
  toujours sous l'égide du CNES. Jean-Jacques Velasco
, qui dirige le GEPAN depuis , conserve la direction du SEPRA. C'est cependant une époque
  totalement différente de celle du GEPAN que va connaître l'organisme, victime de sévères coupes
  budgétaires : les activités du nouveau groupe ne sont clairement pas jugées prioritaires par le CNES,
  et les activités sont très réduites. Comme le signale une plaquette de présentation : l'objectif du SEPRA aujourd'hui
  n'est plus d'engager lui-même des études scientifiques... mais de prendre en compte... officiellement le suivi des
  objets satellisés rentrant dans l'atmosphère. Les Notes Techniques sont arrêtées et il n'est plus dans l'attribution
  du groupe d'informer le public.
Un protocole, signé entre la DGAC et le CNES, permet au SEPRA d'avoir accès aux comptes-rendus d'observation d'ovnis rédigés par les équipages des compagnies aériennes nationales ou étrangères. À cet effet, une fiche de compte rendu d'observation, établie conjointement par la DGAC et le SEPRA, est tenue à la disposition des équipages auprès des centres de contrôle aérien de l'Aviation civile et des compagnies aériennes. Par ailleurs, les conversations radio entre l'équipage et le contrôle aérien sont systématiquement enregistrées et jointes au rapport circonstancié d'observation.
En le SEPRA publie son 1er cas d'étude relatif à l'analyse d'une centaine de rapports, dus à l'observation d'un phénomène lumineux bien visible sur toute la France dans la soirée du 5 novembre, et officiellement causé par la rentrée atmosphérique d'un étage de fusée russe.
Malgré cette bourde en la matière, ce ne sera pas avant que le CNES retire au SEPRA le domaine des rentrées atmosphériques, dont l'Acronyme signifie désormais officiellement Service d'Expertise des Phénomènes Rares Aérospatiaux. Il ne faut plus s'occuper que des PANs.
En , face à des pressions internes au CNES pour supprimer le SEPRA, son directeur
    général, Gérard Brachet, commande un audit
    à François Louange
. La situation du SEPRA était difficile, et ses relations avec le
      département de la communication du CNES étaient mauvaises. Il y avait des pressions au sein de
      l'agence pour le supprimer
, se souvient ce dernier. Louange interroge 33 personnalités, scientifiques (parmi
    lesquelles Gérard Mégie, le président du CNRS, ou René Pellat
, haut-commissaire à l'énergie atomique), militaires de haut rang, députés et
    journalistes. Pratiquement toutes ces personnalités estiment qu'il faut poursuivre l'activité du SEPRA, ne serait-ce
    que parce qu'il existe une demande du public à ce sujet. Il vaut mieux assurer une activité modeste sur le thème des
    ovnis, dit par exemple Pellat
, plutôt que de laisser se développer toutes sortes de
    rumeurs. Et il existe un intérêt scientifique réel, souligne entre autres Mégie, parce
    que de nombreux phénomènes atmosphériques restent mal compris. Dans son rapport remis à Brachet, directeur général du CNES, début , Louange
    recommande donc une augmentation des moyens du SEPRA (un budget modeste de 140000 €/an avec 3 permanents) pour
    poursuivre ses enquêtes et pour communiquer. Cependant, il tombe aux oubliettes : Brachet quitte le CNES
    en septembre, et le nouveau président, Alain Bensoussan, ne cache pas son hostilité
    envers la poursuite des activités du SEPRA. Toutefois, le rapport Louange est transmis au CNRS, à l'Académie des sciences, la gendarmerie ou encore à l'aviation civile. Les dirigeants de ces organismes
    seraient pour la plupart favorables à participer à un comité scientifique du futur SEPRA .
Début , le CNES subit une nouvelle réorganisation. Le ,
    Ciel & Espace annonce : "Le CNES enterre les ovnis". Il n'existe plus de service intitulé "SEPRA
, mais
    Velasco reste chargé de mission auprès du directeur adjoint de la DCT et a pour mission la veille sur les
      phénomènes aérospatiaux rares
, déclare Arnaud Benedetti, directeur de la Communication Externe, de l'Education
    et des Affaires Publiques du CNES 
  
En est nommé le successeur du SEPRA sous la forme du GEIPAN.