Dans les discussions qui suivent les incidents d'ovnis sont référencés par les numéros de cas qui leurs sont affectés dans les fichiers du projet ovni. La lettre fait référence à l'origine du cas : les cas indicés "B" proviennent des fichiers du projet Blue Book de l'USAF, ceux indicés "N" sont pour les cas fournis par le NICAP (Comité National d'Enquêtes pour les Phénomènes Aériens), les indices "C" font référence à des cas qui firent l'objet d'enquête par le personnel du Projet Colorado, et les indices "X" ont été attribués aux cas qui furent reçus après la date butoir pour être inclus dans les fichiers réguliers (i.e., après que l'analyse informatique de l'ensemble des cas de fichier du projet ait été déjà achevée). Les cas indicés "X" sont également identifiés par leur indice B-, N-, ou C-.
