Esterle fait des études d'ingénieur (Ecole Polytechnique de Paris, doctorat en mathématiques appliquées de l'Université de Washington) et de politique scientifique à Institut des Etudes Politiques de Toulouse.
À partir des années 1970s il devient Ingénieur mathématicien au CNES.
en il succède à Claude Poher à la tête du GEPAN, où il y promeut une activité intense tous azimuts : recherches sur des cas à haut indice d'étrangeté (dont le plus fameux est l'enlèvement de Cergy-Pontoise), élaboration d'un modèle épistémologique original, participation à des conventions et rencontres ufologiques à l'étranger, diffusion d'un fascicule de présentation des activités du GEPAN, stand au salon de l'aéronautique du Bourget, interviews fréquentes dans les journaux et à la télévision et, par-dessus tout, publication des 2 premières Notes Techniques, disponibles également pour le grand public, dans lesquelles sont publiées les activités du groupe : création d'archives nationales, techniques d'évaluation des cas, codes mécanographiques, statistiques élémentaires sur les rapports d'observation transmis par la gendarmerie. À la différence de son prédécesseur pourtant, Esterle refroidit les rapports avec les ufologues privés, qui petit à petit commencent à manifester de la défiance envers le GEPAN.
A partir de en , à la suite de coupes budgétaires des fonds alloués au CNES, le GEPAN entre en phase de sommeil : le Conseil Scientifique n'est plus convoqué ; les Notes Techniques ne sont plus publiées, non plus que les résultats des recherches et des études. À la fin de en , Esterle est remplacé par Jean-Jacques Velasco, sous la direction duquel le GEPAN, mis à part quelques interviews télévisées, tient un profil bas.
Comme il faut fournir quelques moyens de recherche à Jean-Pierre Petit, Gilbert Payan lui obtient un contrat d'étude d'une "pompe à vide MHD", fourni par le Ministère de l'Industrie. Des
subsides qui permettront un dégrossissage des problèmes de la MHD dans les gaz, toujours dans une cave, et se
solderont par quelques publications scientifiques. En 1979, ce pactole est épuisé. Petit contacte alors Esterle, en
proposant ses idées de MHD. Il adresse au GEPAN un rapport de 200 pages, intitulé perspectives en magnétohydrodynamique, contenant une masse
d'idées "brutes". Selon le témoignage de Payan, le général Rouvillois, un
polytechnicien, ingénieur militaire, qui a fait Supaéro avec Petit, au titre de son
"école d'application", entre à cette époque, enthousiaste, dans le bureau du général Carpentier, directeur de la DRET, en brandissant ce rapport et en disant : Maintenant que nous avons
les idées de Petit, pourquoi nous embarrasser de lui ?
Mais Payan juge que l'affaire n'est pas mûre. Le CNES embauche alors un jeune chercheur, Bernard Zappoli, docteur ès sciences, mécanicien des fluides et élève de Petit, pour s'occuper, à Toulouse, de recherches de MHD. Confiant dans les compétences dont se réclame Zappoli (qui en fait n'a jamais effectué le moindre travail en MHD), Esterle passe contrat avec 2 laboratoires de Toulouse, dépendant du CERT, dont le DERMO, dirigé à l'époque par le professeur Thourel, très lié avec l'armée, pour tenter de concrétiser une des idées trouvées dans le rapport fourni par Jean-Pierre Petit. Il s'agit de l'extension, dans un gaz froid, du thème de la suppression du sillage turbulent, réussie par Jean-Pierre Petit en dans des expériences d'hydraulique. Payan patronne, dans l'ombre, ce nouveau projet.
Les idées de Jean-Pierre Petit ne sont pas "piégées". C'est la MHD qui est une discipline déconcertante, pleine de chausse-trappes et requiert des masses de connaissances annexes, de l'imagination, du talent. L'équipe toulousaine se plante lamentablement, 10 ans après l'équipe que Valensi avait, à l'IMFM, mis sur l'idée que Jean-Pierre Petit avait su, lui, concrétiser expérimentalement.
Un jeune ingénieur militaire, ayant quelques connaissances d'autodidacte en matière de plasmas, Henri Bondar, est appelé à la rescousse. Découvrant ce qui n'est autre qu'une lamentable tentative de pillage scientifique, choqué, il prévient Jean-Pierre Petit et lui remet en mains propres le rapport qui décrit la gabegie menée par Zappoli et Esterle. Il payera d'ailleurs fort cher cette réaction d'honnêteté intempestive. Jean-Pierre Petit est furieux, car il réalise que s'il avait été au cours de ces recherches, il aurait pu résoudre en quelques jours les problèmes dans lesquels Zappoli s'est enlisé s1Jean-Pierre Petit, J.-P.: Enquête sur les OVNI, p. 90. Il publie alors des extraits du rapport dans une petite revue ufologique tenue à l'époque par Perry Petrakis : OVNI-Présence, qui titre en couverture GEPAN : une manip' de trop.
On peut se demander comment de tels amateurs ont pu conduire le CNES dans une aventure aussi lamentable. Mais à l'époque il n'y a personne de compétent en MHD, ni au CNES, ni sans doute au sein de la recherche militaire elle-même. N'oublions pas que la France est restée hors-jeu pendant plus de 10 années, Jean-Pierre Petit ayant été le seul à poursuivre des recherches dans ses caves successives. Le GEPAN n'a pas non plus de statut bien défini. Il fonctionne "comme un département", étant donné qu'il ne s'est pas avéré possible de l'intégrer en tant que service d'un département déjà existant. Esterle a donc eu "la bride sur le cou" .
Le CNES craint le scandale. Le GEPAN disparaît. Il n'est pas dissout, mais on annonce simplement qu'il a été remplacé par une autre structure : le SEPRA, dont on confie la direction à Jean-Jacques Vélasco, technicien d'Esterle (brevet de technicien supérieur d'optique). Esterle et Zappoli disparaissent dans des placards et on n'entendra plus parler d'eux, pas plus que de Poher, d'ailleurs.
Hubert Curien, lorsqu'il avait conçu le GEPAN, l'avait mis sous le contrôle d'un conseil scientifique de 7 membres. L'un d'eux, polytechnicien et haut fonctionnaire à la météorologie nationale, Christian Perrin de Brichambaut, n'accepte pas cette mise à la trappe, après une douzaine de réunions de ce conseil et réclame une ultime convocation, avant dissolution. Il effectuera plusieurs démarches auprès du CNES s2reproduction de ces courriers dans Enquête sur les OVNI, pp. 127-132 mais n'obtiendra jamais satisfaction. Sur son lit d'hôpital, juste avant sa mort, il écrira un "testament" dans lequel il fait part de sa certitude de "l'hypothèse extraterrestre" (Paru dans "Science Frontières")
La fonctionnalité du GEPAN se dégage maintenant clairement, en tant que structure destinée à capter les idées et les travaux scientifiques issus du secteur civil, pour aller ensuite fertiliser la recherche militaire. Cela, Payan le sait, dès le départ, alors que Jean-Pierre Petit, qui l'ignore, mettra des années à le comprendre. Mais après le scandale déclenché par l'initiative d'Esterle, le GEPAN n'a plus de raison d'être et disparaît. Soucieux de ne pas voir se rééditer une telle mésaventure, le CNES a d'ailleurs soigneusement limité la marge de manœuvre du SEPRA, dont la tâche doit désormais se limiter aux enquêtes et à l'archivage des données.
en , à l'affaire de Trans-en-Provence, avant la disparition du GEPAN. Rappelons les faits s3Petit, J.-P.: Enquête sur les OVNI, p. 120 s4rapport COMETA, p 22 : un homme d'origine italienne, Renato Nicolaï, voit un jour atterrir, assez violemment, une mini-soucoupe de 2 m de diamètre, sur son terrain. Inquiet, il observe l'objet, en se tenant caché derrière un muret. Au bout d'une minute, celui-ci décolle et disparaît derrière une frondaison d'arbres. À l'époque Alain Esterle est encore chef du GEPAN. 2 hasards se conjuguent alors. Après que la femme de Nicolaï a prévenu une voisine, épouse d'un gendarme, ce dernier vient faire son enquête. Bien inspiré, celui-ci a l'idée, non d'arracher des luzernes sur le bout de terrain où l'ovni, en se posant, a laissé des traces de ripage, mais d'emmener à la fois les végétaux et leur support terreux, dans une boite de chaussure. Ces échantillons arrivent au GEPAN, à Toulouse, puis, 11 jours plus tard, sur la paillasse d'un biologiste de l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) le professeur Michel Bounias. Celui-ci a fait sa thèse sur "les traumatismes subis par des végétaux soumis à une forte irradiation", en collaboration avec le CEA (Commissariat à l'énergie atomique). Il est donc particulièrement compétent pour analyser ces fines tiges de luzerne et découvre que "leur équipement pigmentaire" a été fortement modifié. Il demande alors une nouvelle prise d'échantillons, à des distances croissantes du point d'impact. Ces nouvelles analyses révèlent un phénomène de grande ampleur (sur dix mètres de diamètre, voir figure 6 du livre précité). Au centre, certains composants de la plante ont été détruits à 80 %. Puis, progressivement, ce traumatisme s'atténue, en suivant une loi en 1/r2, suggérant l'action d'un rayonnement. La courbe est extrêmement régulière (coefficient de corrélation : 0,99 !).
s5Esterle, A.: L'homme dans l'espace, PUF, Collection "Nouvelle encyclopédie Diderot", 1993, dont En manière d'épilogue de André Lebeau s6Esterle, A. & Schaffar , Laurence: Organisation de la recherche et conformisme scientifique, PUF, Collection "Nouvelle encyclopédie Diderot", 1994 Esterle, A. : un brevet de "voile solaire" partagé avec le CNES, destinée à la propulsion de véhicules spatiaux par l'énergie des photons.
en Esterle quitte le domaine spatial pour celui de la Défense, où il est directement impliqué dans l'adaptation de l'organisation et la capacité militaire française au nouveau contexte européen et international.
en , il rejoint le SGDN comme directeur adjoint de la DCSSI où il joue un rôle moteur dans la définition d'une politique de sécurité nationale pour les Technologies de l'Information et dans sa mise-en-œuvre inter-ministérielle jusqu'en en .
Par la suite il est nommé directeur technique de l'ENISA, puis crée Esteral Consulting, une société d'expertise en sécurité de l'information et des réseaux.